РДУМ АО включает  в себя: мухтасибаты, мусульманские организации – приходы мечетей, ДПО РО «Астраханский исламский колледж», органы административно-хозяйственного управления и другие учреждения, необходимые для выполнения целей и задач РДУМ АО.

Для эффективной работы РДУМ АО структурно разделен на мухтасибаты (районные отделения), границы которых  совпадают с территориями районов Астраханской области.